Größere Umrüst-Maßnahmen sind für den Kfz-Betrieb mit Biodiesel nicht notwendig. Es sind jedoch nicht alle Diesel-Fahrzeuge vom Hersteller für den Betrieb mit Biodiesel freigegeben. Deswegen sollte vor der Betankung mit diesem Kraftstoff die Werkstatt oder der Hersteller konsultiert werden. Bei Volkswagen besteht beispielsweise eine Freigabe für alle Fahrzeug-Modelle, die ab dem Jahr 1996 hergestellt wurden, wenn ausschließlich Biodiesel-Kraftstoff getankt wird, der der Norm E DIN 51606 entspricht.
Da Biodiesel wie ein Lösungsmittel wirkt, können Dieselkraftstoff-Rückstände im Tank und in den Leitungen abgelöst werden und zu Filter-Verstopfungen führen. Deswegen sollte der Filter gewechselt werden, nachdem einige Tankfüllungen Biodiesel getankt worden sind.

Wie bei herkömmlichem Dieselöl sollte darauf geachtet werden, dass mit Kraftstoff in Berührung gekommene Lackflächen umgehend abgewischt werden. Eventuell kann es ratsam sein, die Kraftstoff-Schläuche genauer zu kontrollieren, da einige Kunststoffe beim Kontakt mit Biodiesel aufquellen und undicht werden können.