Biodiesel kostet im Durchschnitt 5 bis 10 Cent/l weniger als herkömmlicher Diesel-Kraftstoff. Der Treibstoff-Preis liegt derzeit bei 0,70 bis 0,73 EUR/l (Stand Nov. 2002). Im Vergleich dazu liegt der Preis für mineralischen Diesel-Kraftstoff zwischen EUR 0,78 und EUR 0,81 pro Liter.

Nach der Novellierung des Mineralölsteuer-Gesetzes sind seit Juni 2002 alle biologischen Kraftstoffe von der Steuer befreit, nachdem zuvor nur Pflanzenöle (z. B. Biodiesel) über dieses Privileg verfügen konnten. Von der Mineralölsteuer befreit sind damit neben Biodiesel auch Biogas sowie synthetisches Benzin, Bioethanol, Biomethanol und Wasserstoff aus Biomasse. Die Erweiterung dieses Gesetzes beruht auf der Annahme von Verkehrs- und Umweltexperten, dass Biokraftstoffe künftig vermehrt in optimierten Motoren beziehungsweise in der Brennstoffzellen-Technik zum Einsatz kommen werden.