Im Vergleich zu herkömmlichem Diesel-Kraftstoff reduzieren sich bei der Verwendung von Biodiesel mögliche Gesundheitsrisiken. Eine Studie vom Frühjahr 2001 eines amerikanischen Forschungsinstituts behandelt speziell die krebserzeugenden Bestandteile der Abgase.
Bei Biodiesel liegen die Emissionen von Ruß-Partikeln demnach um etwa 30 % und die von Kohlenwasserstoffen um über 90 % niedriger als bei Diesel aus Mineralöl. Darüber hinaus reduziert sich der Kohlenstoffmonoxid-Anteil um 50 %, und Schwefelemissionen konnten überhaupt nicht registriert werden. Insbesondere die Abwesenheit von Schwefel ermöglicht den Einsatz von modernen Katalysatoren zur Abgasreinigung zur weiteren Reduzierung der Stickstoff-Oxide. Dies ist auch notwendig, da die Stickoxid-Emissionen gegenüber Dieselöl um 13 % ansteigen. Krebserzeugende Substanzen wie polyzyklische aromatische Kohlenwasserstoffe verringern sich um über 80 %. Diese Ergebnisse kamen nach Versuchen an Ratten zustande, die über einen längeren Zeitraum Biodiesel-Abgasen ausgesetzt worden waren. Dabei wurde weder eine erhöhte Sterblichkeit, eine verminderte Fruchtbarkeit oder sonstige klinische Auffälligkeiten festgestellt.

Das Kohlenstoff-Dioxidproblem ist bei Biodiesel gegenüber herkömmlichem Diesel-Kraftstoff etwas entschärft, denn die Verbrennung setzt nur jene Menge CO2 frei, die im Zuge ihres Anbaus gebunden wurde.